Tama w Smardzewicach tworząca Zbiornik Sulejowski zmieniła Pilicę. W naturalnych warunkach rzeka wlecze tzw. rumowisko składające się z różnej wielkości cząsteczek (szczątki organiczne, piasek, żwir, kamienie), co jest jedną z przyczyn powstawania łach, wysepek i zmian kształtu koryta. Rzeka przepływająca przez zbiornik zaporowy pozostawia duże ilości wleczonego materiału w nim samym. Powoduje to wypłycanie zbiornika oraz zmianę charakteru rzeki.
Pilica poniżej zapory jest rzeką ujarzmioną – nie zmienia swojego koryta, rzadko wylewa (w przeszłości zdarzało się to średnio co pięć lat), i pozbawiona rumowiska powoduje silną erozję denną, co wywołuje szybszy spływ wód gruntowych do coraz głębszego koryta.
Tama wpłynęła więc wyraźnie na zmianę stosunków wodnych. Skutkiem jest obniżenie poziomu wód gruntowych, nadmierne przesuszenie doliny, wysychanie starorzeczy i zanik podmokłych siedlisk wraz z całymi zespołami flory i fauny.